Stjórn Heilbrigðisvísindastofnunar fjallar um öll sameiginleg málefni stofnunarinnar, tekur stefnumarkandi ákvarðanir og setur henni starfsreglur eftir því sem þörf er á.
Stjórn Heilbrigðisvísindastofnunar árin 2023–2026 skipa:
Forseti Heilbrigðisvísindasviðs og formaður stjórnar
Lektor, Lyfjafræðideild
Prófessor, Læknadeild
Prófessor, Hjúkrunar- og ljósmóðurfræðideild
Prófessor, Sálfræðideild
Dósent, Matvæla- og næringarfræðideild
Varamenn
Helga Jónsdóttir
Ingibjörg Harðardóttir
Thor Aspelund